Roku 1994 vzniká na Semenci Přírodovědná stanice a zároveň občanské sdružení Stanice „Pomoc přírodě“. Hlavním posláním je provádět praktickou ochranu přírody (záchranná stanice, odchovy ohrožených druhů a jejich vypouštění zpět do přírody, sledování a údržba botanických lokalit apod.) a prostřednictvím těchto praktických činností také provádět ekologickou výchovu a osvětu.
Roku 1995 založeny sbírky léčivých rostlin a expozice lesních společenstev. Dále se muzeum podílí na projektech Záchrana genofondu památných stromů, Reintrodukce sovy pálené. Ve stanici také funguje záchranná služba pro handicapované živočichy. V rámci projektu Zdravé město Týn nad Vltavou účast na budování Naučné stezky zdraví (Vlacha – Semenec).
Roku 1996 se stanice zapojuje do projektu Záchrana lučních ekosystémů sběrem osiv pestrých lučních porostů, v rámci projektu Reintrodukce sovy pálené vypouští 7 sov v Čihovicích. Dále se rozvíjí expozice lesních společenstev (14 ukázkových ploch) a je založena expozice hornin.
V roce 1997 se v muzeu konal mezinárodní tábor studentů z 8 zemí, kteří pomáhali s úpravou areálu. V tomto roce byla také vybudována lezecká stěna pro děti a byla vydávána příloha Ekoton časopisu Vltavín. Proběhly také akce jako Dívánky a Den Země.
Mezi lety 1995/7 a 2000 probíhal repatriační odchov koroptví polních. Vzniká sbírka hornin aneb kamenná kronika jižních Čech. V areálu probíhá také výsadba sbírky borovic. V rámci biologického boje proti holubům ve městech jsou v Týně vypouštěni sokoli stěhovaví.
Od roku 2001 je část plochy areálu muzea využívána k pastevnímu chovu a odchovu koní s uplatněním principů přirozené komunikace.
V roce 2006 se stanice zapojuje do projektu Zdravá krajina, na němž spolupracuje s dalšími ekologickými neziskovými organizacemi. Mimoto se areál zpřístupňuje o víkendech veřejnosti a během týdne se provádí výukové programy pro školy. Dochází také k obnově polní cesty na Semenci výsadbou ovocných stromů.
Během let 2007, 2008 se rozšiřuje nabídka výukových programů pro školy, organizují se různorodé akce pro veřejnost (Den dětí, Čarodějnice, Den Země, Zdobení vánočního stromu) a několikátý mezinárodní tábor. Vzniká projekt Geologie a paleontologie jižních Čech, jehož součástí jsou vzdělávací semináře, instalace paleontologické sbírky ve výstavní síni a vydání publikace Geologujeme s Petrem Rajlichem.
Od roku 2011 nese stanice název Přírodovědné muzeum Semenec. Realizují se výukové programy pro školy i veřejnost. Muzeum se podílí na tvorbě Stezky na Onen Svět a Naučné stezky Neznašovský kohout. V roce 2013 byla provedena úprava areálu brigádníky z ČEZ. V dalších letech se organizují tradiční akce jako Zdobení stromku pro zvířátka nebo Den Země, ale i akce nové – Semenecký jarmark, Makrobiotický seminář, Na Semenec za Kelty.
Rok 2015 se nesl ve znamení návratu Ke kořenům, jelikož se muzeum zapojilo do stejnojmenného projektu. Více o projektu ZDE.